ЦКПХ проводять заходи з профілактики, підтримують біологічну безпеку та біологічний захист, реагують на надзвичайні стани у сфері охорони здоров’я. Ці установи є лідерами у формуванні регіональних політик охорони здоров’я, координують завдання всієї системи громадського здоров‘я, взаємодіють з різними установами області — департаментами охорони здоров’я ОДА, департаментами освіти, департаментами захисту довкілля й екології, управліннями ДСНС та ін. Концепція роботи ЦКПХ відповідає найкращим світовим практикам.

За таким принципом працюють аналогічні структури в провідних країнах світу. В ефективній роботі ЦКПХ зацікавлені численні міжнародні організації, які надають свою експертизу, обладнання чи іншу підтримку.

ЦКПХ мають відділи епідеміологічного нагляду та профілактики неінфекційних захворювань, імунопрофілактики, інфекційного контролю, відділ моніторингу та реагування на небезпеки, санітарно-карантинний відділ, відділ комунікацій та інформаційно-роз‘яснювальної роботи, а також у лабораторії – бактеріологічної, вірусологічної, паразитологічної, санітарно-гігієнічної, лабораторії електромагнітних полів та інших фізичних факторів та ін.

В центрах працюють епідеміологи, лікарі із загальної, комунальної, харчової та радіаційної гігієни, лікарі з гігієни дітей та підлітків, лікарі – бактеріологи, вірусологи, паразитологи, біологи, мікробіологи, хіміки, інженери–метрологи та інженери з обслуговування обладнання, інженери з охорони праці, економісти та юристи, комунікаційники, фельдшери-лаборанти, сестри медичні, помічники лікарів–епідеміологів та фельдшери санітарні.

Територіально на рівні області ЦКПХ також мають відокремлені районні відділи з лабораторіями в їхньому складі. Молодий спеціаліст у ЦКПХ може у перші роки роботи очолити структурний або територіальний підрозділ.